《魔法少女奈叶ViVid》以奈叶收养的女孩薇薇欧为主人公故事讲述了“JS事件”之后，曾经的空中王牌奈叶收起羽翼暂作休息，而刚进入魔法学校初等科的薇薇欧在掌握了魔法基本知识后，收到了奈叶和菲特赠送的专用法器“神圣之心”；而另一边，自称为“霸王”的神秘人物英格瓦尔特，正准备掀起一股新的波澜……